perchè nel file htaccess è già presente un codice che indirizza la url con index.php a quella che non ce l'ha, si chiama riscrittura delle url. se contemporaneamente indirizzi le url che non finiscono con index.php a quelle che invece finiscono con index.php il server esce pazzo e ti mostra quell'errore. Non devi preoccuparti delle url riscritte o non, devi preoccuparti solo ed esclusivamente se prima non avevi attivato le fiendly url ma non credo sia il tuo caso.
In breve ti stai fasciando la testa prima ancora di romperla!
