Ciao,
non comprendo la ragione del caricamento delle immagini via FTP nella cartella /www/images/phocagallery/2013.
Personalmente per caricare immagini multiple e anche singole prima creo la categoria con relativa cartella di destinazione, poi dal backend nel componente PG procedo al caricamento da locale "multiple add", con relativa assegnazione di categoria in questa fase si vengono a creare le thumbs.
Se il tuo problema è la mancanza delle thumbs, prova a verificare in opzioni di PG alla voce Principali le impostazioni delle voci riguardanti Impostazioni di generazione delle miniature