gantry è un framework cosi bello e semplice, e se lo dico io che non sono un esperto vuol dire che è davvero semplice, voi state creando solo un sacco di confusione cosi facendo queste modifiche le perderai al prossimo aggiornamento, se il logo non si è centrato con lo stile css che ti ho passato c'è qualche altro motivo, ad esempio hai forzato le posizoni sulla stessa riga del logo al tab layouts