perché il template della ricerca è lo stesso della lista dei prodotti nella categoria, il quale visualizza le sottocategorie; se non passi la categoria assume che sia la root e quindi visualizza le categorie principali.
devi, quindi, effettuare un override della view category/default.php e modificare il codice qui presente.
quanto alla ricerca: puoi usare il modulo di ricerca di VM, che cerca solo in VM, o abilitare il plugin di tipo 'search' di VM che integra nel sistema di ricerca di joomla i prodotti di VM. quale metodo usare dipende da come è fatto il sito, di norma si usa il primo sistema.
ciao,
marco