Niente panico.
Il sito è raggiungibile sia con che senza WWW?
Se sì imposta il 301, credo tu possa farlo anche direttamente dal pannello di controllo del tuo hoster, se è indicizzato anche il WWW imposta la regola anche nel file .htaccess e questa cosa la risolvi così.
In WMT / Impostazioni / Impostazioni sito setta il dominio preferito a quello senza WWW.
Il crollo dell'indicizzazione si potrebbe spiegare con una richiesta di rimozione della URL ma se il site ti restituisce valori non è questo il problema, controlla anche eventuale aumento di link verso il tuo sito da siti spammosi.
Le visite da organico come vanno' sono calate anche quelle?