Ok allora non stia usando url rewrite , htaccess serve quando url rewriting è attivo, di base nel core di joomla è presente il file htacces.txt che va modificato in .htaccess quando si attiva url rewrite.
Nella root del tuo sito c'è un file .htaccess? l'hai creato tu o era già presente nel server?
Se non c'è nessun file .htaccess il problema è in qualche impostazione del template, hai provato ad attivare il template di default? funziona quello o da lo stesso errore?