Ciao Smiley,
benvenuta nel forum
per essere chiara sei chiara, solo che una risposta alla tua domanda è molto complicata perché non c'è un solo modo di procedere e non possiamo dirti quali siano i file che devi modificare.
In generale le posizioni possono essere spostate, aggiunte o tolte dai file php del template che le disegnano. Quali siano dipende dal template, spesso sono più di uno.
Le posizioni del template possono essere modificate come grafica dai file css, oppure aggiungendo un suffisso classe modulo e scrivendo il css solo per quel modulo. Possono essere anche allargate o ristrette sempre con i css, anche se nei template responsive le cose si complicano un tantino.
Poi ci sono template che hanno una gestione molto avanzata delle posizioni direttamente dal backend...
Un consiglio? Scegli il template per le posizioni che ha, non per i suoi colori. Le prime sono difficili da gestire per chi inizia, la grafica molto meno.