salve, questo è un vecchio 'problema' di joomla, lo ricordo da tempo immemore.
Ed è un problema, perché l'indicizzazione ne risente.
Esempio pratico:
ho una categoria articoli "offerte" (NON ho una voce menu che punta alla categoria) ed una voce menu "offerta del mese" che semplicemente punta ad un articolo contenuto nella categoria.
Ebbene, il sef url generato di quest'ultimo è semplicemente sito.com/offerta-del-mese.html. Non dovrebbe essere così, dovrebbe in ogni caso essere del tipo sito.com/offerte/aliasarticolo.html..