Anche io ho effettuato l'aggiornamento, alla versione 3.4, di diversi siti senza apparenti problemi... quindi tutto continua a funzionare.
Leggendo i messaggi post installazione, oltre al riferimento al file robot.txt, in cui si consiglia di permettere l'indizizzazione della cartella template, images e media (anche se penso che far indizizzare il template comporterà più errori di indicizzazione in caso di sostituzione dello stesso), si fa riferimento anche al file htaccess. Non ho ben capito quali siano le differenze tra quello della versione 3.4 e quello precedente e se è necessaria la sua sostituzione (ri-modificandolo con le personalizzazioni) o se è possibile lasciare il precedente. Ottimo lavoro ragazzi.