per i permessi non saprei che dire: dipende se la hai creata dentro o fuori la path web e da come la hai creata (ftp, pannello, bash...), di solito mettere a posto la cosa è molto semplice ma, dato le variabili, conviene chiedere al provider.
solo una nota per safe path (non ricordo come sia tradotta) serve il percorso assoluto dalla root del server, non dalla root del web!!
comunque non devi metterci niente: una volta impostata corretamente provvede VM ad inserire ciò che gli serve.
ciao