Proprio così, unica precauzione, ove vi siano template che abbiano inserito nel file xml percorsi che fanno riferimento alla cartella del template originale questi vanno aggiornati.
naturalmente poi se il template gira su qualchè framework e usa css custom personalizzati questi andrannno copiati a mano.
Sarebbe opportuno creare sempre una copia del template e poi procedere sulla copia di questo le modifiche del caso.
Come sempre se non c'è metodo c'è risultato, senza metodo rischiamo di fare un polpettone.
per il discorso dell'override, è corretto dire che su un template non si fà nessun override (non avrebbe senso anche se tecnicamente sarebbe possibile), quindi quello che scrivi :
"Infatti io sapevo dell'esistenza di template override"
potrebbe portare a pensare che sia la regola inducendo inesperti ad inerpicarsi su sentieri poco battuti e non convenzionali.
Per completezza invece ti dico che gli override delle varie estensioni si realizzano sul template nella cartella html, cartella non sempre disponibile ma che può essere creata....ma qui ci sarebbe da dire altro.
Però, un pò di documentazione (di questo sito)leggila, anche per ricerca e miglioramento personale, queste cose le abbiamo scritte non so quante volte. Vedo che stai realizzando un sito dientro l'altro, quindi immagino che sia il tuo lavoro.