Immagino che se l'iframe proviene da un altro sito, l'indicizzazione non favorirà certo il proprio.
Chiedo se non converrebbe caricare il frame su un altro dominio riconducibile al proprio sito e poi richiamare il frame. In questo modo si eviterebbe inoltre che vanga visualizzato il percorso del frame stesso e quindi di un sito terzo, che non c'entra nulla.