Ti riporto la parte della guida che potrebbe interessarti:
"Errori e problemi a seguito dell'aggiornamento
Maledizione... a seguito dell'aggiornamento il sito non è più visibile.... oppure da errore ecc...(Internal Server Error...oppure Ajax error... oppure errore 500).
Per fortuna abbiamo imparato a fare un bel backup prima di ogni aggiornamento, così se proprio non riusciamo a ripristinare la situazione possiamo procedere con il ripristino del backup del sito.
Nella grande maggioranza dei casi gli aggiornamenti automatici danno errore perchè eseguiti su piattaforme server non adatte ad ospitare Joomla. Sempre meglio aprire una richiesta di supporto presso il proprio hosting provider, richiedere un reset dei permessi e privilegi delle cartelle e file ecc..."