Ho risolto così:
dal sito in cui mi si presentava il bug ho esportato il database in un file formato .sql, copiato il file index.php, la cartella del template personalizzato e la cartella images, praticamente tutti i file in cui avevo apportato modifiche;
ho reinstallato joomla versione 3.6.5 configurandolo con lo stesso nome e prefisso del database esportato;
attraverso localhost/phpmyadmin ho creato un nuovo database vuoto con un nome provvisorio in cui ho importato quello precedentemente esportato e l'ho poi rinominato come il database importato e, quindi, con lo stesso nome inserito in fase di configurazione della nuova installazione;
ho sovrascritto il file index.php e la cartella images con i rispettivi file del sito in cui mi si presentava il bug;
ho aggiunto il template personalizzato nella cartella template.
Dal pannello amministratore, nella sezione Messaggi post-installazione per Joomla, ho selezionato 'Nascondi questo messaggio' a tutti e tre i messaggi visualizzati e, finalmente, l'odiato bug è sparito ed i messaggi post-installazione insieme a lui

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Probabilmente esisteranno soluzioni migliori e più immediate... ma è stata pur sempre una soluzione e, per ora, sembra funzionare: messaggi spariti e lavoro salvato.
Grazie a tutti comunque.