Più che un problema di PHP, sembra un problema legato al database. O, meglio, direi che non riesce a trovare gli script relativi al DB da aggiornare. Quindi forse ti manca qualcosa.
Intanto, mi sembra che l'ultima della versione 3 sia la 3.10.12, e tu hai la 3.10.11. Prova magari a fare prima l'upgrade a quest'ultima versione, magari ti mette i file che ti mancano.In alternativa, carica via ftp una versione completa della versione che hai tu. E poi riprova.
Ti dico questo perché guardando il sorgente, sembra che la funzione ottenga un "nulla" dove invece si aspetta una lista di file, che dovrebbe prendere da administrator/components/com_admin/sql/updates...