per mia esperienza:
1- con il pdf avrete molti problemi sempre, niente di meglio che trasformare ogni pagina in una jpg, magari utilizzando un tool per lavorare il pdf, provate pfd Toll 4 e il suo wierer che ha funzioni mooolto più efficienti di acrobatreader.
2- avevo visto da qualche parte un template che faceva scorrere le pagine visualizzate lateralmente come se fossero altrettanti fogli di un giornale ma ora non ricordo dove l'ho visto,
conclusioni:
io farei così, in una sottodirectory metterei quel template o altro simile, che fa scorrere le pagine trasformate in jpg, per ogni numero una voce di menù... mentre nella principale un altro template di presentazione, ovviamente due installazioni joomla, due database...
per quando riguarda componenti che lavorino i pdf come chiedete non ne ho mai trovati in giro mentre per quando riguarda le jpg ce ne sono a bizzeffe, ad esempio le simplegallery o le higlislide o le gallerie..
ciao e buona fortuna, nel caso decidiate per le jpg e vi serva qualche altro aiuto scrivetemi pure in privato..