Dipende da cosa devi fare...
Un ottimo punto di partenza, visto che 'in qualche modo' è già integrato in joomla è mootools.
Fino a qualche tempo fa avrei risposto comunque che il migliore era jquery.
Ora mi sa che ExtJS (
http://extjs.com/ ) sia in assoluto il top (per quanto riguarda utilizzi 'importanti', ovviamente per i vari effettini slider, accordion, modal box e simili mootools va più che bene).
Se guardi l'elenco dei big che usano extjs e i vari esempi, ti rendi conto dell'affidabilità e della potenza di questa libreria.
