Partiamo da un presupposto, non è un hacker!
Questo è un lamer idiota che si diverte a pigliarti per il culo dopo aver trovato la pass admin o ftp con qualche schifoso programma probabilmente in ambiente windows
Joomla è bucabile ne più ne meno di altri CMS, quindi non è suo il problema...
Se tra l'altro ti avesse infettato tramite, chessò, iniezioni SQL, il problema sarebbe più grave, e dimostrerebbe la serietà del tizio in questione, che invece è il solito idiota da 4 soldi.
3 giorni di tempo ti ha dato? Bene, monitora gli IP che accedono al sito e chiedi al tuo hosting di tenere il tutto sotto controllo, essendo che probabilmente hanno bucato loro ( = ftp ), poi vai alla polizia postale e denunciale, e mandagli una mail fittizia con stampata una finta denuncia e una chiamata in tribunale :
l'insetto in questione si prenderà talmente male ( probabilmente avrà 16 anni... ) che vedrai come lascia stare tutto, successivamente cambia dati ftp e admin di Joomla!
Ciao