2)Se io ad es. inserendo un contenuto non voglio usare l'editor visuale e mettere direttamente l'HTLM, devo scrivere in PHP o HTLM? CONFUSIONE 
Se vuoi mettere un contenuto inserendo direttamente il codice devi disattivare il Editor WYSIWYG predefinito, questo lo fai andando su configurazione->scheda sito->su Editor WYSIWYG predefinito metti "nessun editor WYSIWYG".
Poi vai sui contenuti-> nuovo e vedi che l'editor è diventato normale.
Lì aggiungi il codice come una classica pagina hmtl.
Questa procedura viene talvolta usata perchè l'editor WYSIWYG formatta a modo suo certe cose, se per esempio vuoi inserire una pagina pdf nel contenuto devi usare (per esempio) il tag "<i frame>" e se lo aggiungi con l'editor automatico te lo cambia appena salvi.
1)ma quindi i "pacchetti" di template joomla da che cosa sono composti esattamente?
Un INDEX.PHP che si appoggia a un template_css.css?
Beh, prova ad estrarre sul tuo computer i file dell'archivio del template, vedrai che dentro c'è il css, un file index.html e quello in php, le varie immagini usate nel template, il file thumbnail (una sorta di immagine che ti crea l'anteprima, ma questo non sempre c'è)e il file xml con tutte i metadati e i "collegamenti" dei vari file.
Se apri i singoli file riesci a capire come sono strutturati i template.
3)Quando poi si vuol metter mano a modificare dimensioni e colori font, dove si deve andare, nell'index.php o nel template.css?
Beh, ci sono due modi...o dal pannello di amministrazione di Joomla, vai su sito->gestione template->template del sito e poi modifichi l'html o il css a seconda delle esigenze oppure direttamente sui file che poi devi caricare sul sito.
Io consiglio la prima perchè così puoi fare via via le prove.
Spero di aver un po' chiarito la cosa.
Ciao!
