Prova cosi:
1) disattiva sh404 e disattiva pure il sef di joomla
2) visita le pagine in questione
3) copia/incolla delle url in un foglio block-note
4) componente sh404->vedi/modifica url personalizzate
5) nel campo "vecchia url non sef" metti l'url che hai appuntato (togliendo http: //w ww. e facendola, quindi, iniziare da "index.php")
6) nel campo url sef metti l'url come ti piacerebbe che venisse fuori.
Riattiva sef joomla (se era attivo), riattiva sh404 e dovrebbe funzionare.
A questo punto, selezionando l'url dalla lista delle url personalizzate e cliccando su "nuovo meta" in alto a dx, puoi mettere i meta come ti pare