nel core di joomla non ci sono malware per cui devi cercare in tutto quello che hai installato oltre joomla, per prima cosa verificherei eventuali contatori gratuiti, statistiche o similari.
aggiornare all'ultima versione è sempre una buona idea, ma in questo specifico caso aspetterei la 1.5.8 visto che la 7 da problemi di compatibilità con php 4