Spero che tu stia usando anche gli strumenti per webmaster di google...
Se è così, sai cosa ti indicizza google e crei dei redirect dei vekki indirizzi ai nuovi, inoltri la nuova sitemap a google e pian pianino google ti sistemerà tutto, ma cosa importante è fare i redirect per gli url gia indicizzati.
Esiste un componente, si kiama proprio redirect e lo trovi nelle estensioni di joomla.
Buona giornata!