Prova il plugin smaller scripts, con quello puoi disabilitare MOOtools per il frontend, senza toccare il codice, che altrimenti risiede nel file head.php ( non mi chiedere in quale directory perchè purtroppo non lo ricordo e sto per andare a nanna
).
Disabilita, carica il tuo script e vedi se va.
MOOtools vengono usati per tutti gli effetti a mò di slide, web2.0 e figate che in realtà servono a poco o nulla...non sono un loro gran supporter.
MOOtools lo puoi usare per Slimbox ( Lightbox più leggero e non basato su prototype e script.acolo.us )...
Disabilita e vedi se ti crasha qualcosa...