Joomla! è rilasciato sotto GNU/GPL che espressamente ne vieta la vendita: vuol dire che non puoi prendere Joomla!, togliere tutti i riferimenti al progetto e rivenderlo come fosse un tuo prodotto. Devi sempre dire che si tratta di Joomla, puoi vendere al massimo il servizio di personalizzazione.
Per quanto riguarda il copyright, onestamente, non so se si possa fare: non mi è mai interessato. Ritengo che lì'open source funzioni anche così, se tu togli ogni riferimento a Joomla! di fatto scrocchi.
Se ti da fastidio la nota nel footer (da fastidio anche a me) puoi fare due cose:
1) Anzichè la nota metti una piccola icona (come le metti per la validazione di xhtml e css o per wcag)
2) Crei una pagina credits dove spieghi che stai usando Joomla!
Togliere del tutto ogni riferimento, indipendentemente dal fatto che si possa o meno, non è corretto, sempre secondo me. Poi ognuno fa ciò che vuole.