Quando usi un programma ftp, normalmente sulla destra ti indica questi 2 parametri "owner" (proprietario), "group" (gruppo).
Se nel file o directory che vuoi modificare l'owner é diverso dal tuo nome utente ftp, allora non puoi modificare i diritti.
Credo se hai questo problema sotto owner hai "99" o "nobody", in questo caso il proprietario é joomla. In questo caso ti consiglio di installare un componente per la gestione dei file direttamente da joomla, in questo modo avrai l'accesso.