accedo al database tramite FileZilla ftp?
No, il database è una cosa, ftp è un'altra.
Il primo è un insieme di dati (archivio), l'ftp lo usi per caricare i file.
Ora al Plesk Contol Panel non posso accedere perchè mascherato da joomla
accedo al database tramite FileZilla ftp?
Cosa intendi di preciso?
Oppure, siccome con Joomla non avevo ancora creato il sito, stavo imparando a coscerlo,
se ricarico tutte le cartelle Joomla sul server riscrivendo sopra a quelle esistenti faccio un disastro?
Beh, a questo punto puoi rifare l'installazione da capo, fai prima, però perdi eventuali componenti/moduli/template che hai fatto, a meno che non te li "salvi".
Secondo me dovresti provare a fare come nella guida, così impari qualcosa di nuovo. La guida ti spiega passo passo cosa devi fare.