Ciao,
non so quale di quelle cartelle si riferisca al plugin che hai problemi a disinstallare (sicuramente non mootools).
Quello che ti suggerisco invece, dato chw probabilmente hai ancora la copia in locale del sito, è di ricaricare in remoto la cartella dei plugin (verifica se in locale sono "piene"), e poi eseguire la disinstallazione dal pannello di amministrazione. In questo modo, usando la regolare procedura di disinstallazione, non rimangfono tracce nel db.
