Prima cosa: fai almeno due copie di backup di database e file.
Seconda cosa: controlla se l'hosting ha tutte le caratteristiche richieste da Joomla (ma credo che questa cosa sia già stata fatta).
Per quanto riguarda se fare prima migrazione e poi aggiornamento o viceversa non so cosa consigliarti.
A naso direi prima aggiornamento e poi migrazione, ma credo che sia uguale (soprattutto una volta andato a buon fine
).