Ciao Carlotul, il tuo problema è stato evidenziato da molte persone che utilizzavano Filezilla per gestire l'FTP, non tanto per la sua compatibilità con Joomla, ma per il fatto che su una versione non aggiornata perdeva qualche file.
Ora, innanzitutto ti chiedo cortesemente, visto che dovrebbero farlo tutti, di non menzionare prodotti commerciali su questo forum, visto che sarebbe indicato anche sulle regole del FORUM, ne riguardo prodotti di hosting (per quello puoi rivolgerti direttamente sul loro sito al loro supporto e chiedere aiuto) ne tantomeno per software a pagamento.
Per quanto riguarda un software che risponde assai bene, completamente gratuito e se vogliamo, altamente compatibile con qualsiasi server, ti consiglio WINSCP