Il problema con IE6 è quasi sempre molto complesso se non irrisolvibile. Daltronde ormai il suo utilizzo è in declino (17% secondo il dato di marzo di w3school.com). COnsiglio un qualche modulino che avverta il navigatore che il sito non gira con IE6 e gli suggerisca di aggiornarlo.
P.S: nella sezione download c'è un modulo che fa al caso tuo.