Ciao Nuvola6
Ci è voluto un pò per capire cosa hai scritto

Vediamo di ricapitolare:
Hai scritto un articolo che è collegato ad una voce di menù che però è disattivata in quanto non vuoi che si veda. L'articolo, ovviamente, è pubblicato ma raggiungibile solo dall'immagine con la mappa.
Quando visualizzi l'articolo cliccando sulla mappa scompaiono tutti i moduli pubblicati nella posizione left.
Questa cosa mi è già capitata in un altro sito. Purtroppo hai poco da fare se non cambiare la mappa con un modulo che svolga la stessa funzione e che, se non ricordo male, dovrebbe essere nell'area download di questo sito e recensito su joomla.it tra gli articoli della community.
Il modulo si chiama imagemenu e
questo è l'articolo di recensione (dove trovi in link per scaricarlo) mentre
questo è il post sul forum con la discussione e
questa una demo del modulo.
Ovviamente bisogna adattare l'immagine visto che il modulo è diviso in righe e colonne di cui comunque puoi variare il numero.
Il motivo del problema è legato al funzionamento dei moduli di joomla, in particolare il mod_mainmenu, la cui visualizzazione può essere assegnata solo e soltanto alle voci di menu pubblicate.
Spero che la soluzione possa andare bene.
Ciao