dipende che tipo di modifiche hai apportato.
se hai apportato modifiche solo ai contenuti basta aggiornare soltanto il DB, se invece hai apportato modifiche anche ai files di joomla allora devi ricaricare in remoto i soli files che hai modificato.
altrimenti fai un nuovo trasferimento da zero da locale a remoto. la strada inversa che hai fatto prima!!
certo che ti piace complicarti la vita eh?