Ho risolto, quasi per caso. Ho notato che mettendo un link nel menu ad una sezione gli articoli della sezione mi diventavano visibili ed alla fine del link veniva scritto &Itemid=74 (ad esempio), ovvero l'id della voce del menu. Gli altri inmvece erano Itemid=71, ovvero la voce del menu "Indice Articoli", che avevo indicato come "special". Appena ho rimesso tale voce in public è tornato tutto a posto!!
Grazie comunque!