10 anni or sono frontpage era utilizzatissimo, dagli utenti medi e base per generare siti internet basati su frame. Proprio la struttura a frame creava delle statistiche falsate con i primi codici di monitoraggio (shinystat offre il suo servizio dal 1996 credo). Per cui a livello internazionale si impose come raccomandazione l'inserimento prima della chiusura del tag body, che è proprio del contenuto della pagina, ovvero è quello che l'utente umano legge.
E' rimasta in seguito questa raccomandazione generale assunta anche da google.
Leggendo poco più sotto la raccomandazione che hai copiatoincollato da shinystat, trovi anche
Posizionando il codice in fondo alla pagina, oltre a garantire il corretto funzionamento del servizio, viene rispettata una delle consuetudini internazionali di rilevazione dell’audience Internet (dettate dallo IAB e fatte proprie da Audiweb), in quanto solo così si avrà la certezza che ogni pagina, prima di essere rilevata da ShinyStat, sia stata interamente caricata e visualizzata dal visitatore.
Non inficia sulla statistica, visti anche i 20 moduli presenti nella Jed e usati da migliaia di persone. La struttura di Joomla nella fattispecie, consente addirittura di scegliere su quali pagine inserire il modulo (utile se si vuole monitorare solo determinate pagine e escluderne altre).