ciao
allora x far un css personalizzato prima di tutto devi creare nel index,php del template il richiamo del css in questa maniera,
mettere la dicitura appena sotto il primo
</head>
<!--[if lte IE 6]>
<link href="templates/<?php echo $this->template ?>/css/ie6only.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<![endif]-->
fatto questo nella cartella del css ne crei uno nuovo chiamato ie6only.css e nel suo interno del css nuovo ci metti i parametri per sistemare la visualizzazione del ie6.
ps: io lascerei perdere tanto ie6 e usato dal 10% per cui io metterei una bella dicitura dicendo di aggiornare il browser xche il sito e ottimizzato per ecc ecc,,,