Ciao jackblind,
se guardi in basso, con filezilla, c'è la linguetta "Failed transfers".
In quella parte vengono visualizzati i files che non sono stati uploadati per un qualsivoglia motivo.
Se hai files in quella sezione basta prima selezionare tutti i files e poi, tramite il tasto destro, selezionare l'opzione "Reset and requeue selected files".
In questo modo i files ritornano in coda per l'upload.
Comunque per tagliare la testa al toro, io rifarei l'upload dal principio anche perchè non mi è chiara la tua frase "I'upload del sito é stato quasi immediato."
Di solito ci vuole qualche tempo per fare l'upload.