Diciamo che l'ho risolto ma, il problema non era ne di permessi, ne legato all'hosting ma, penso a qualche hacheraggio o problema di sicurezza,
Ho infatti trovato il alcuni file php relativi ai template e ad altre parti la seguente linea alla fine del file:
"<b1><!--Ly3YdUMweNoVy2EKgCAMBtAb+QlSdp1VwxbqZA28fvX+P7TucLLCHhPSGnPKSFve4oI5ZyjcxdXk4UFGLkGtYPKOQ7vzd6vsRib84FZtlXB5q+DzX2Fc4wVHqSKl--></b1></body></html>"
Eliminandole da tutti i file in cui erano presenti il sito ha ricominciato a fuinzinare in tutte le parti.
Non so se vi sia qualche cosa da fare per evitare un problema come questo, se qualcuno sa cosa fare...!