Ho circa 5000 prodotti inseriti sul db attuale e circa 1200 pagine indicizzate
i prodotti sono un problema, i motori un altro.
parto dal secondo che è più semplice: basta scrivere una regola in .htaccess che segnali a browsers e spiders la redirezione permanente alla nuova pagina, tutto bene se non usi sef, altrimenti devi farlo a livello di plugin. e questa era quella facile
per quanto riguarda il primo problema devi valutare se il componente scelto (che 99 su 100 è virtuemart) soddisfa le tue necessità e può gestire i tuoi prodotti; appurato questo devi creare uno script di migrazione per categorie/prodotti/varianti/prezzi da vecchio a nuovo db.
come vedi non è semplice, ma questo è ciò che serve per mantenere hostname e posizionamento.
nuovo sito su nuovo host? questo è semplice, magari lungo se ti carichi i prodotti a manina...
la scelta dipende dal page-rank/back links del vecchio sito e da quanto di arriva dal web. la decisione è prima di tutto economica, poi si vedranno i dettagli tecnici.
ciao,
marco