Ciao, la tua domanda è un pò vecchiotta, ma dato che è tutto il pomeriggio che cerco informazioni e finalmente ho trovato la soluzione, la posto così anche in futuro ci sarà un pò di documentazione...
bisogna aggiungere la stringa
extended_valid_elements : "iframe[src|name|width|height|align|frameborder|marginwidth|marginheight|scrolling]",
all'interno dell'init...quindi qualcosa tipo:
<script type="text/javascript">
tinyMCE.init({
"iframe[src|name|width|height|align|frameborder|marginwidth|marginheight|scrolling]",
});
</script>