Eheheh... Taolo carissimo...
Allora, torniamo a noi.
Il tuo hosting supporta il mod_rewrite? Credo e spero di sì.
Per quanto riguarda il seo/sef nativo ti posso assicurare che funziona benissimo da solo così com'è, chiaramente previa disinstallazione di tutto ciò che potrebbe fare a cazzotti, della serie "lasciamo il mondo così com'è col seo/sef nativo".
Per quanto riguarda le pagine che ti spariscono, quello è un chiaro sintomo di htaccess settato male; controlla bene quel file e se hai dubbi o non funziona allora nel caso parti da zero usandone uno nuovo (di htaccess).
p.s. nella guida è spiegato come settarlo al meglio, sia esso un htaccess della 1.5.15 o precedente (sì, cambia il contenuto di quel file ma le funzioni sono le medesime).
p.s.2 - la vendetta - Questa è un'altra cosa: mi spieghi meglio quando parli di flooding? Mi interessa saperlo descritto meglio, voglio vedere nel tuo caso a cosa potrebbe essere dovuto, nel caso posta uno screenshot dell'errore e dimmi anche che piattaforma usa il tuo hosting (php, mysql, perl, api mysql - le versioni).