Occorre fare delle prove, non è facile arrivare ad una soluzione adeguata al primo botto.
A grandi linee io farei così:
metti che la pagina dove voglio modificare il link Leggi tutto sia una pagina in formato categoria blog,
vado in \components\com_content\views\category\tmpl
e mi apro il file blog_item.php
vedo che alla riga 132 c'è questo pezzo di codice:
<a href="<?php echo $this->item->readmore_link; ?>" class="readon<?php echo $this->escape($this->item->params->get('pageclass_sfx')); ?>">
Gli metto target="_blank" e vedo che succede.
(Io non ho la possibilità di verificarlo perchè ho installato K2 che gestisce le categorie con apposite pagine)
Diversamente posso usare tutto il contenuto di href per aprire il link in una popup, per esempio con questa tecnica
http://forum.joomla.it/index.php/topic,98423.0.html(penultimo messaggio)
Ma per cambiamenti pesanti, al fine di non perdere il file originale, opterei per un override del file, come spiegato qui
http://www.joomla.it/articoli-della-community/788-override-del-template-come-personalizzare-le-pagine-di-joomla.html