si, in remoto anche se la lamp utilizzasse le stesse versioni dei software principali (linux, apache, mysql e php) sicuramente molte impostazioni saranno diverse, ma stai tranquillo joomla gira su qualsiasi lamp normalmente settata, salvo qualche particolarità di qualche estensione che dipende da istruzioni che in remoto possono essere disabilitate per motivi di sicurezza..