Ciao astronomo.
Mai avuto problemi in tal senso e credo di aver capito benissimo di chi parli.
La tipica struttura che dovresti vedere con lo spazio web vergine è composta da tre cartelle ed un file:
backup-giornaliero
backup-settimanale
cgi-bin
index.php
Personalmente appena faccio il primo accesso via ftp cancello la index.php che loro installano di default e procedo con l'upload di files e cartelle di joomla ed è sempre filato tutto liscio.
La cosa che mi lascia un po perplesso è che tu parli di circa un'ora per uploadare i files e le cartelle di joomla. Lo trovo eccessivo come tempo perchè con la più scadente delle adsl al massimo impighi una ventina di minuti per l'upload di joomla. Verifica che non ci siano errori di trasferimento durante l'upload dei files di joomla e vedrei bene anche una segnalazione al supporto tecnico dell'hosting segnalando l'anomalia. Anche perchè cercando di collegarmi al dominio astronomo.eu mi becco un bell'errore 403 che nulla a che vedere con joomla