mmmhhh, non è questo il problema.
Fai ragionamenti contorti... per ridurre le possibilità di furto dell'auto non ha senso saldare 3 portiere su 4...
Il server Apache è un'interprete del linguaggio php.
Il tuo cod circola nel suo motore che restituisce un html, è impossibile tu riesca a vedere un php, a meno di bug del php stesso (è capitato giusto due mesi fa).
Js invece passa dal server completamente trasparente... gliene frega nulla di ciò che tu scrivi, la sicurezza, le features e tutto insomma è demandato al tuo browser.
Web 2.0 ha complicato le cose, mischiando le tecnologie e introducendo le richieste che passano attraverso due livelli, praticamente anche Js che prima non poteva parlare ai server ora può farlo.
Esistono innumerevoli tool che scaricano le tue pagine, qualsiasi bot di ricerca lo fa... ma vogliono i tuoi rss, il tuo html, i cellulari e molta multimedialità richiedono l'xml... insomma tutti metalinguaggi, roba totalmente diversa dal php.
M.