Semplice:
se il file manager che ti ha dato il provider nel pannello di controllo ti permette di usare la clipboard, selezioni i file che vuoi copiare, fai click su "copia nella clipboard", entri nella cartella e fai "sposta i file della clipboard qui".
Altrimenti, ti colleghi in ftp, scarichi i file sul tuo pc, li ricarichi nella cartella e cancelli i vecchi.
Occhio ai path delle temp e cache in configuration.php...