Semplice,
il tuo sito gira sotto uno user, solitamente lo userid con cui ti colleghi al server.
Se sul tuo server la cartella del sito è qualcosa tipo /usr/pinco/public_html, allora lo user è pinco. Se dai un occhio ai file con un programma di ftp (anche il fine manager del tuo pannello), vedrai che tutti i file del tuo sito (quelli in public_html o come si chiama), hanno un owner (proprietario, che si chiama, appunto, pinco.
Quando ad installare qualcosa è il server, per motivi anche di sicurezza, i file installati hanno come owner "apache" (il server, appunto) che, sui server commerciali, non è mai nello stesso gruppo di pinco (per questo, tra l'altro, sui server commerciali i settaggi delle cartelle devono essere, in genere, a 777 e non a 775).
Questo può creare dei problemi simili a quelli dei permessi, in quanto lo user pinco, proprietario dei file del sito e dei processi interni, non può scrivere nelle cartelle di proprietà di apache...