Allora credo che il problema alla base sia dato da questa riga
$checked = JHTML::_( 'grid.id', $i, $row->id);
Inserita così la checkAll funge
Inserendo :
<input type="checkbox" id="<?php echo "cb$i";?> " name="cid[]" value="<?php echo $row->id?>" onclick="isChecked(this.checked);" />
La checkAll non funge...
Il problema grosso è che sn praticamente identiche. Carneade