c'è poco da dire...
far girare joomla su un server win è sempre abbastanza un'avventura per tutta la serie di problemi che ne scaturisce. il tuo prima problema si direbbe proprio che sia l'aver attivato il sef con l'uso di mod_rewrite, come suggerito da maicolstaip.
consiglio vivamente di lasciarlo sul server linux.
ciao,
marco