Ciao,
hai provato a fare il ragionamento inverso? Cioe: un unico sito, di cui una sezione (con template e moduli diversi) "sembri" un sottodominio.
Se proprio vuoi anche che si chiami sottodominio.dominio.it, puoi anche creare un doppione dell'installazione, da mettere nella cartella del sottodominio. Con un po' di fantasia e giocando sui permessi di visualizzazione e sulle categorie, ce la puoi fare, ma ogni volta che installi qualcosa, sono dolori...