Per quanto riguarda la mia domanda, se l'editor JCE gestisce il tag rel="nofollow", la risposta è SI, sono riuscito a trovare il sistema, meglio tardi che mai.
Aprendo il form per l'inserimento dell'URL basta andare su "Advanced", selezionare il menù a tendina "Relation ship pege to target" e inserire il tag "No Follow".
Mi sembra che funzioni.
Ciao!!!